Uspomene daleke prošlosti ostrva, kada pisana reč nije postojala ili pisano štivo iz tog vremena još nije dešifrovano i iskorišćeno da unapredi naše razumevanje, su zahvalno sačuvane u mitovima drevnog sveta. Minoj, antički kralj Krita, sin Zevsa i Nimfe Evrope, je prvi koji je osnovao, prema antičko-mitološkim izvorima, većinu gradova na Kritu. Od najvećih i najznačajnijih su Kidonija-zapadno od Peloponeza, Knosos u centru ostrva ka Maloj Aziji i Festos na južnoj obali.
Ali, koliko je blizu istini ovaj mit?
Uprkos nepoznavanju dosta činjenica o periodu neolita (6100 - 3500/2900g. p.n.e), pored činjenice da je bilo aktivnosti u pećinama i ravnicama severne oblasti, prisustvo minojske kulture (2800 – 1200g. p.n.e) rasprostranjene na zapadnom Kritu, sa dosta ostataka građevina i grobnica. Naselje Debla u Varipetru je jedno od najstarije otkrivenih do sada, dok je u srednjem minojskom periodu, najnaprednije naselje bilo blizu Nerokuru, izvan Sude. Najvažnije minojsko naselje zapadnog Krita nazvano Kidonija, koje je imalo najduži životni vek je nađeno na brdu Kasteli - Hanja ispod modernog grada.
Svetlo dana su ugledali važni i jedinstveni arhitektonski pronalasci koji su iskopani i izloženi u Arheološkom muzeju Hanje. Ova oblast je takođe puna grobnica, uglavnom iz kasnog minojskog doba, kao što je grobnica u Malemeu, Filakiu i Stilosu.
Otprilike 1100g. p.n.e grupa Dorana sa Peloponeza na čelu sa Altemenisom Kisosom, sinom kralja Argosa, iskrcala se na zapadnom Kritu , naselila se i produžila dalje ka Rodosu. Krit je postao dorski i “Grčki” , istorijski period, tokom koga su započela osnivanja mnogih gradova - država. Kidonija je bila najznačajniji grad oblasti i osnovana je na mestu današnje Hanje.
524 g. p.n.e, okupirana je od strane naseljenika Samosa, da bi pripala u ruke Egiaca 519 g. p.n.e. Kidonija je bila politički, vojni i finansjiski najmoćniji grad i našla se u konstantnim sukobima sa drugim velikim drevnim gradovima regije, kao što je susedna Aptera-južno i iznad zaliva Suda, Polirinia- južnije od Kisamosa i Falasarna na zapadnoj obali.
Odnosi između gradova država bili su zategnuti kada nije bilo opasnosti, ali bili su ujedinjeni kad god je sloboda ostrva bila dovedena u pitanje od strane spoljašnjih sila. Na taj način mogli su da pobede invaziju rimske flote 74 godine p.n.e u zalivu Hanje. To je bila pobeda kojom se nisu dugo sladili.
